在17世纪的理性主义哲学家笛卡尔(RenéDescartes)看来，要为知识打下确信无疑的基础和前提，首先需要一个正确的方法论。即假如有一样知识是未确认证实的，他是无法接受的，是要怀疑的。他一句名言“Cogitoergosum”（即我思故我在，或译为“思考是唯一确定的存在”，其实后者的翻译更加准确的表达了笛卡尔的原意），即“普遍怀疑”的主张。
例如，我如何分辨我是在作梦或是我真的在火炉旁，这是无法判断的，因为不存在着判断何者为真的标准，若没有标准说明何者为真那么我便无法说明哪一个更加可靠。甚至对于我的肉体我也要进行怀疑，在笛卡尔的例子中他还举出，有一些打仗断腿的士兵，在雨天时还是会感到自己断掉的那条腿正在疼痛，因此，肉体在这个例子中便有可能是虚假的，唯有那些确切无疑的东西我们才不能去怀疑。
更甚者，笛卡儿认为数学也可能是虚假的东西，例如2+2=4有可能是邪恶的精灵设立的一个圈套，不断的反复2+2=4最终大家都认为2+2=4，因而数学在这方面来说也可能是假的。在笛卡尔看来，人们无法去质疑这些东西的可能性。在那些我们认为必然为真的真理中，有可能都是邪恶精灵的恶作剧，所设立的一个圈套，我们本身很难知道他们究竟是否为真，因此，我们也要去怀疑他们。最后，笛卡儿甚至怀疑造物主本身就是个魔*，因为我们从未见过造物主。
因此，在这个地方，笛卡儿将客观世界、肉体、造物主（上帝）都怀疑掉了，但他说，在怀疑了这些所有的知识后，他发现有一个东西他不能怀疑，即怀疑本身，因为“我在怀疑”这个事实是我亲自体验到的，从逻辑上来提出论证，当我们在怀疑“我在怀疑”这件事情时，我本身还是在怀疑的，因此怀疑这件事是清楚明白的。因而，整座大厦的坚硬磐石便是“怀疑”这项心理活动，而怀疑过程恰恰就是思想的过程。
“思想活动”这项东西是无法怀疑的，我们可以称之为内在经验或直觉经验，我们在当下感觉到思想这一项活动，这是不需要推理，不需要前提的。然而，从思想活动这一项东西推演出一个我，这一点受到许多后世哲学家的批判，这些哲学家询问，如何得出“我”？
这样一个问题。我们确确实实体验到“思想活动”这样的东西，但笛卡尔从中推理出“我思，故我在”，思想所以我存在。这是一个推理，而一个推理必然存在着前提，此一前提即是“凡思者必有我”，然而在我将所有的知识否定掉之后，我如何得出此一前提？“凡思必有我”此一前提中绝非思本身，他是一个公理，在我们推翻了所有的知识后，此一公理如何侥幸存留下来？因此，「我思故我在」可以算是知识的第一原则。
或说还有另一种说法，这个“凡思必有我”本身不是一个推理，我即是思，思即是我，在这里笛卡儿是这样认为的。我本身是一个精神实体，即思想活动本身，因而有思就有我，无思就无我，因而在此笛卡儿认为我仅是一个思想，一个理性，而非那个我们所日常理解的那个我。
虽然笛卡儿这样认为，但哲学家们还是认为笛卡儿在这个过程中还是进行了一个概念的偷换，因为思本身是一个活动过程，而我却是一个实体，我是一个承担思的东西，我们可以确切无疑的经验到思这个活动过程，但却无法体验到我这个实体，这点就如同洛克所说的，我们在所有经验之前必然的需要假定一个实体存在，无论这个实体是精神实体或是物质实体，这个实体本身都是一个假设的结果。但在这个地方笛卡儿却是认为思想活动与我这个实体本身是完全等同的，彼此之间是相互蕴含的。因而许多哲学家例如，休谟、康德、胡塞尔、萨特等人，都指出笛卡儿在这个地方有一个超越，一个跨越，他从活动过程一下子迸出了实体这样的东西，而这样的跨越、跳跃本身是非法的、不合理的，这个我是被假定的，是一个逻辑的主语，而不是一个实在的主语，因而没有我的存在（康德语），我这个东西完全是一个逻辑假设。
顺着笛卡尔“思即是我”的这样的论点，人们在世界上找到了一个东西（终于从所有被否定掉的世界中找到一个确实存在的“东西”，他不同于思想活动是一个活动，而是一个东西）这个我便是笛卡尔哲学中的第一原理。
“我思，故我在”这句话在笛卡尔那里不是一个推理而是一个直觉（接）的经验，思就是我，思本身是不需要推理的，用洛克的话来说他是一种内在直接经验，而我等同于思，这个也是直接经验的，他并非推理（若是推理的话需要一个前提，而这个前提笛卡儿是不愿意承认的），笛卡儿在这个地方直接把思等同于我。因此，不能简单的用唯心主义还是唯物主义的观点来看待笛卡尔的那句名言，这只是笛卡尔的一次“思想活动”或“逻辑推理”。
笛卡儿作为一个唯理论的创始者，他是从经验出发的（用洛克的话来说他是从内在感觉经验，即内省出发的，而培根更多的则是从外在感觉经验出发），从思维活动直接引出（在这里不能用推出）一个我，进而确立了我的存在。尽管笛卡儿的理论有着诸多的漏洞，但用黑格尔的话来说就笛卡儿和弗兰西斯·培根给近代哲学的贡献，便是使得我们在经历惊滔骇浪中，让我们看到了自己的家园，我们在大海上颠簸了几千年后，终于找到了一个立基点，笛卡儿最大的功劳便是把“自我意识”确立起来，过去千年中在哲学家那里所有的论证都是从造物主（上帝）出发，而在这个地方笛卡儿却是从“我”出发，从造物主的确定性转移到了自我的确定性，这项转折是一种哥白尼式的伟大转折，出发点与参照点发生了改变，这意味着近代主体意识的觉醒，近代哲学较少去关切外在客观的东西，更多的是